起源于1932年设立的重庆大学理学院化学系，理学院院长为著名数学家何鲁，胡叔平担任化学系主任；

1936年，重庆大学设立工学院，傅鹰任化工系主任；

1953年，全国高校进行院系调整，重庆大学冶金系成立化学教研室，为工科各系承担基础化学课程教学任务；

1958-1961年间，由李承烈、谢上芬负责办起了化学专业，为从冶金系转入化学专业的学生补开了理科化学专业的课程；

1961年，底随全国的调整时期，新办专业暂停； 

1977年，全国高校恢复招生，1978年正式招收了化学专业本科生，定为应用化学专业，与应用物理、应用数学共建成基础科学系，并于1984年正式成立应用化学系；

1986年，获物理化学硕士学位授权点；

1988年，设立精细化工本科专业；

1990年，成立化工学院；

1993年，设立化学工艺本科专业；

1996年，更名为 ；

 1998年，学校再次进行院系调整，将资源及环境工程学院的环境工程专业与 以及资源综合利用工程研究中心合并成立环境与 ，获应用化学硕士授权点，精细化工与化学工艺本科专业合并为化学工程与工艺本科专业；

2000年，重庆大学与重庆建筑大学合并，将环境科学和环境工程专业调出，加入了材料化学专业重新命名为 ，获化学工程、分析化学硕士学位授权点；

2002年，获生物化工、药物化学、高分子化学与物理、无机化学、食品科学、材料物理与化学硕士学位授权点；

2002年，设立制药工程本科专业；

2004年，设立药学本科专业；

2006年，设立化学、化学工程与技术一级硕士学位授权点。